二期工程概算投资71.5亿元，累计铺设护底软体排994万平方米，抛石797万方，安装大型混凝土预制构件635个，新建整治建筑物主堤6道(总长约20.4公里)、丁坝30座(总长约20.3公里)、护滩带23座(总长约4.7公里)，加固护岸48.3公里，基建疏浚837万方，并配套建设导助航设施及其他相关设施。
工程建成后，长江南通至南京227公里河段河势和航道深槽进一步稳定，航道水深从10.5米提高到12.5米，个别受限河段最小航宽从200米提高到250米，达到了“固滩、导流、稳槽、增深、加宽”的目标和效果。通航主要船型从3万吨级提高到5万吨级，可满足5万吨级集装箱船满载双向通航，5万吨级其他海轮减载双向通航要求，且10万吨级海轮可减载通航至南京、20万吨级海轮可减载乘潮通航至江阴。工程的实施还使得该段航道助航设施更加完善，船舶操纵航行更加顺畅，减少因水浅阻航、碍航事件的发生，进一步改善了安全航行的条件，大大降低航行事故率。长江南京以下12.5米深水航道的全线贯通，提升了长江黄金水道含金量，为打造长江经济带综合立体交通走廊，促进水运供给侧结构性改革，推动长江经济带高质量发展必将发挥重要作用。
二期工程在整治建筑物结构设计中融入生态要素，创新性地采用适合水生生物生长和栖息的生态护底、护岸及坝体等结构形式，试验性地建设10万平方米人工鱼巢和100亩生态浮岛。投入8400多万元实施增殖放流等生态补偿措施，共投放水生生物苗种1473万尾、底栖动物500吨，并计列专项江豚救助保护资金。
